STM32CubeIDEは統合開発環境です。ソースコードの作成、コンパイル及びデバッグ機能を含みます。
STM32CubeMXはグラフィカルに端子の機能を設定することができ、STM32CPU毎に初期化Cコードを生成します。関数の雛形が作成されますので、自分で使用したい形に記述することで、ソースコードを作成できます。
統合開発環境のSTM32CubeIDEの中に統合され、初期化Cコードの作成、ソースコード作成、コンパイル、デバッグまで行うことができます。
STM32CubeProgrammerはプログラミングツールです。JTAG、UART、USBなどのインターフェースを介して、デバイスや外部メモリのリードライトができます。